از علامه جعفری می‌پرسند چی شد که به این کمالات رسیدی؟! ایشان در جواب خاطره‌ای از دوران طلبگی تعریف و اظهار می‌کنند که هرچه دارند از کراماتی است که به دنبال این امتحان الهی نصیبشان شده «ما در نجف در مدرسه صدر اقامت داشتیم. خیلی مقید بودیم، در جشن‌ها و ایام سرور، مجالس جشن بگیریم و ایام سوگواری را هم، سوگواری می‌گرفتیم.
شبی مصادف شده بود با ولادت حضرت فاطمه زهرا(س) اول شب نماز مغرب و عشا می‌خواندیم و شربتی می‌خوردیم. آن گاه با فکاهیاتی مجلس جشن و سرور ترتیب می‌دادیم.
آقایی بود به نام آقا شیخ حیدرعلی اصفهانی که نجف‌آبادی بود. معدن ذوق بود. او که می‌آمد من به الکفایه قطعاً به وجود می‌آمد جلسه دست او قرار می‌گرفت.
آن ایام مصادف شده بود با ایام قلب‌الاسد (۱۰ تا ۲۱ مرداد) که ما خرماپزان می‌گوییم و نجف با ۲۵ یا ۳۵ درجه خیلی گرم می‌شد. آن سال در اطراف نجف باتلاقی درست شده بود و پشه‌هایی به وجود آمده بود که عرب‌های بومی را اذیت می‌کرد. ما ایرانی‌ها هم که، اصلاً خواب و استراحت نداشتیم.آن سال آنقدر گرما زیاد بود که اصلاً قابل تحمل نبود نکته سوم این‌که حجره من رو به شرق بود. تقریباً هم مخروبه بود.من فروردین را آنجا به طور طبیعی مطالعه می‌کردم و می‌خوابیدم. اردیبهشت هم مقداری قابل تحمل بود، ولی دیگر از خرداد امکان استفاده از حجره نبود.
گرما واقعاً کشنده بود. وقتی می‌خواستم بروم از حجره کتاب بردارم مثل این بود که با دست نان را از داخل تنور برمی‌دارم، در اقل وقت و سریع!
با این تعاریف این جشن افتاده بود به این موقع، در بغداد و بصره و نجف، گرما تلفات هم گرفته بود. ما بعد از شب نشستیم، شربت هم درست شد، آقا شیخ حیدرعلی اصفهانی که کتابی هم نوشته بود به نام «شناسنامه خر» آمد.
مدیر مدرسه‌مان، مرحوم آقا سیداسماعیل اصفهانی هم آنجا بود. به آقا شیخ علی گفت: آقا شب نمی‌گذره، حرفی داری بگو، ایشان یک تکه کاغذ روزنامه در آورد.
عکس یک دختر بود که زیرش نوشته بود «اجمل بنات عصرها» (زیباترین دختر روزگار)، گفت: آقایان من درباره این عکس از شما سوالی می‌کنم.
اگر شما را مخیر کنند بین این‌که با این دختر به طور مشروع و قانونی ازدواج کنید (از همان اولین لحظه ملاقات عقد جاری شود و حتی یک لحظه هم خلاف شرع نباشد) و هزار سال هم زندگی کنید، با کمال خوشرویی و بدون غصه، یا این‌که جمال علی(ع) را مستحباً زیارت و ملاقات کنید، کدام را انتخاب می‌کنید.

سوال خیلی حساب شده بود. طرف دختر حلال بود و زیارت علی(ع) هم مستحبی. گفت: آقایان واقعیت را بگویید. جانماز آب نکشید، عجله نکنید، درست جواب دهید.
اول کاغذ را مدیر مدرسه گرفت و نگاه کرد و خطاب به پسرش که در کنارش نشسته بود با لهجه اصفهانی، گفت: سیدمحمد! ما یک چیزی بگوییم نری به مادرت بگویی‌ها؟ معلوم شد نظر آقا چیست. شاگرد اول ما نمره‌اش را گرفت! همه زدند زیر خنده. کاغذ را به دومی دادند. نگاهی به عکس کرد و گفت: آقا شیخ علی، اختیار داری، وقتی آقا (مدیر مدرسه) این‌طور فرمودند مگر ما قدرت داریم که خلافش را بگوییم. آقا فرمودند دیگه! خوب در هر تکه خنده راه می‌افتاد.
نفر سوم گفت: آقا شیخ حیدر این روایت از امام علی(ع) معروف است که فرموده‌اند: «یا حارث حمدانی من یمت یرنی» (ای حارث حمدانی هر کی بمیرد مرا ملاقات می‌کند)‌
پس ما ان‌شاءالله در موقعش جمال علی(ع) را ملاقات می‌کنیم! باز هم همه زدند زیرخنده، خوب اهل ذوق بودند. واقعاً سوال مشکلی بود. یکی از آقایان گفت: آقا شیخ حیدر گفتی زیارت آقا مستحبی است؟ گفتی آن هم شرعی صد درصد؟ آقا شیخ حیدر گفت: بلی.
گفت: والله چه عرض کنم. (باز هم خنده حضار)‌
نفر پنجم من بودم. این کاغذ را دادند دست من. دیدم که نمی‌توانم نگاه کنم، کاغذ را رد کردم به نفر بعدی، گفتم: من یک لحظه دیدار علی(ع) را به هزاران سال زناشویی با این زن نمی‌دهم. یک وقت دیدم یک حالت خیلی عجیبی دست داد. تا آن وقت همچو حالتی ندیده بودم. شبیه به خواب و بیهوشی بلند شدم. اول شب قلب‌الاسد وارد حجره‌ام شدم، حالت غیرعادی، حجره رو به مشرق دیگر نفهمیدم، یک‌بار به حالتی دست یافتم. یکدفعه دیدم یک اتاق بزرگی است یک آقایی نشسته در صدر مجلس، تمام علامات و قیافه‌ای که شیعه و سنی درباره امام علی(ع) نوشته در این مرد موجود است. یک جوانی پیش من در سمت راستم نشسته بود. پرسیدم: این آقا کیست؟
گفت: این آقا خود علی(ع) است، من سیر او را نگاه کردم. آمدم بیرون، رفتم همان جلسه، کاغذ رسیده دست نفر نهم یا دهم، رنگم پریده بود. نمی‌دانم شاید مرحوم شمس‌آبادی بود خطاب به من گفت: آقا شیخ محمدتقی شما کجا رفتید و آمدید؟ نمی‌خواستم ماجرا را بگویم، اگر بگم عیششون بهم می‌خوره، اصرار کردند و من بالاخره قضیه را گفتم و ماجرا را شرح دادم، خیلی منقلب شدند.
خدا رحمت کند آقا سیداسماعیل (مدیر) را خطاب به آقا شیخ حیدر، گفت: آقا دیگر از این شوخی‌ها نکن، ما را بد آزمایش کردی. این از خاطرات بزرگ زندگی من است.